MTsS MALNU Pusat Menes merupakan bagian dari lembaga pendidikan Islam yang memiliki akar sejarah panjang dalam perjuangan mencerdaskan kehidupan umat. Cikal bakal lembaga ini bermula dari pendirian Mathla’ul Anwar pada tahun 1916 M (1335 H) di Menes, Pandeglang, oleh para ulama kharismatik seperti KH. Abdurrahman bin Jamal, KH. E. Muhammad Yasin, KH. Tb. Soleh Kananga, dan KH. Arsyad Tegal. Pada masa awal, pendidikan dilaksanakan dengan sistem tujuh tingkat dan berorientasi pada kurikulum salaf yang berbasis kitab kuning.
Seiring perkembangan zaman dan kebutuhan pendidikan yang lebih sistematis, pada tahun 1926 M nama lembaga ini berubah menjadi Mathla’ul Anwar Linahdlatil Ulama (MALNU). Perubahan ini mencerminkan semangat pembaharuan yang selaras dengan berdirinya Nahdlatul Ulama pada tahun yang sama, serta tekad untuk memadukan nilai-nilai tradisional dengan kemajuan zaman.
Pada tahun 1968 M, sistem pendidikan klasik diubah menjadi jenjang pendidikan formal modern, yaitu Madrasah Ibtidaiyah (setingkat SD), Madrasah Tsanawiyah (setingkat SMP), dan Madrasah Aliyah (setingkat SMA). Untuk memperkuat legalitas kelembagaan, Yayasan Perguruan Islam MALNU Pusat Menes resmi dibentuk pada tanggal 7 Juli 1972.
Menyadari pentingnya integrasi antara pendidikan umum dan keislaman, sejak tahun 1989 MALNU mengembangkan sistem pesantren berasrama (boarding school) yang menggabungkan kurikulum nasional dan pengajaran kitab kuning dalam tradisi pesantren salafiyah.
Pendirian MTsS MALNU Pusat Menes secara resmi dilaksanakan pada tanggal 20 Juni 2012 berdasarkan Surat Keputusan Kementerian Agama Nomor Kd.28.02.4/PP.00/26/2012. Madrasah ini berlokasi di Jl. Raya Alun-Alun Timur Menes, Desa Purwaraja, Kecamatan Menes, Kabupaten Pandeglang, Banten, di atas lahan seluas 4.491 meter persegi.
Sebagai bentuk pengakuan atas kualitas pendidikan yang diselenggarakan, MTsS MALNU Pusat Menes meraih akreditasi A berdasarkan SK BAN-PDM Nomor 105/BAN-PDM/SK/2023 yang diterbitkan pada tanggal 23 Oktober 2023. Akreditasi ini menjadi bukti keseriusan lembaga dalam menyelenggarakan pendidikan yang bermutu dan relevan dengan kebutuhan zaman.
Dengan warisan sejarah yang kuat dan komitmen terhadap pendidikan berlandaskan nilai-nilai Islam Ahlussunnah wal Jama’ah, MTsS MALNU Pusat Menes hadir sebagai lembaga pendidikan yang tidak hanya mencetak siswa berprestasi secara akademik, tetapi juga membentuk karakter mulia, berakhlak, dan cinta terhadap agama, bangsa, dan budaya.